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Nuestro organismo no puede distinguir si los aminoácidos que necesita provienen de proteínas de origen animal o vegetal ya que únicamente asimila los aminoácidos y no las proteínas completas.

Las proteínas de origen animal son moléculas mucho más grandes y complejas, por lo que contienen mayor cantidad y diversidad de aminoácidos. En general su valor biológico es mayor que las de origen vegetal pero son más difíciles de digerir, puesto que hay mayor número ente aminoácidos que romper. Si se combinan adecuadamente las proteínas vegetales, las legumbres con los cereales o los lácteos con los cereales se puede obtener un conjunto de aminoácidos equilibrado.

Por ejemplo las proteínas del arroz contienen todos los aminoácidos esenciales, pero son escasas en Lisina. Si las combinamos con lentejas o garbanzos que son ricos en Lisina, la calidad biológica y el aporte proteico resultante es mayor que el de la mayoría de los productos de origen animal.

Al tomar proteínas animales a partir de carnes, aves o pescados ingerimos también todos los desechos del metabolismo celular presentes en esos tejidos, como amoniaco, ácido úrico, etc. que el animal no ha podido eliminar antes de ser sacrificado.

Estos compuestos actúan como tóxicos en nuestro organismo. El metabolismo de los vegetales es distinto y no están presentes estos derivados nitrogenados. Los tóxicos de la carne se pueden evitar consumiendo las proteínas de origen vegetal, a partir de huevos, leche y sus derivados. 

La proteína animal suele ir acompañada de grasas de origen animal, en su mayor parte saturadas. Un elevado aporte de ácidos grasos saturados aumenta el riesgo de padecer enfermedades cardiovasculares.

En términos generales, se recomienda que una tercera parte de las proteínas que consumamos sean de origen animal, pero es perfectamente posible estar bien nutrido con proteínas vegetales, algunos preparados de origen vegetal son comparables en textura con la carne como el tofu, seitan y tempe. Eso sí, teniendo la precaución de combinar estos alimentos en función de sus aminoácidos limitantes.  El problema de las dietas vegetarianas occidentales suele ser su déficit de algunas vitaminas como la B12 y minerales como el hierro.

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